Al igual que las tres ramas de gobierno que encontramos en la Constitución de los Estados Unidos, los metodistas unidos han adoptado una rama legislativa (Conferencia General), una rama judicial (Concilio Judicial) y una rama ejecutiva (Concilio de Obispos).
La Conferencia General es el cuerpo legislativo más importante de la Iglesia Metodista Unida y es el único cuerpo que puede hablar oficialmente a nombre de la iglesia. Se reúne cada cuatro años con una asistencia de no menos de 600 delegados y no más de 1,000.
La Conferencia General establece las condiciones, privilegios y deberes de los miembros de la iglesia; los poderes y deberes de presbíteros, diáconos, ministros diaconales y pastores locales; así como los poderes y deberes de las conferencias anuales, conferencias misioneras, conferencias de cargo y reuniones congregacionales. Autoriza la organización, promoción y trabajo administrativo de la iglesia. Define los poderes y deberes del episcopado, autoriza el himnario y libro de culto oficiales, provee de un sistema y procedimientos judiciales, inicia y dirige toda iniciativa conexional de la iglesia y emite otra legislación para la operación de la iglesia.
Se trata de la “Corte Suprema” de la denominación, cuyo trabajo es interpretar la ley de la iglesia y determinar la constitucionalidad de los procedimientos a todo nivel de la vida de la iglesia. Está compuesto de 9 miembros, laicos y clérigos, que son elegidos por la Conferencia General y, normalmente, se reúne dos veces al año, a fin de considerar si las acciones de los varios cuerpos de la iglesia se adhieren a la constitución y siguen las normas fijadas en el Libro de Disciplina. Por lo general, los casos son remitidos al concilio por el Concilio de Obispos, las conferencias anuales o la Conferencia General. Según la constitución, las decisiones del Concilio Judicial son conclusivas.
La denominación no tiene un oficial o ejecutivo general de la iglesia. Lo que tiene es un Concilio de Obispos que actúa como la rama ejecutiva de la iglesia. Según el Libro de Disciplina, “los obispos son llamados a guiar y supervisar los asuntos espirituales y temporales de la Iglesia Metodista Unida, la cual confiesa a Jesucristo como salvador y señor y, especialmente, a guiar a la iglesia en su misión de testimonio y servicio al mundo” (párrafo 414).